.gitignoreでリポジトリに追加したくないファイルのリストを記述できますが、.DS_Storeなど、特定の環境(.DS_StoreはMac環境で生成されます)に依存するファイルを各リポジトリの.gitignoreで除外するのは、なんとなく気持ちが悪いです。
その場合、自分の開発環境全体で適用させることができる.gitigrnoreファイルを作るのがスマートな方法です。
まず、以下のとおり.gitignoreファイルを生成します
git config --global core.excludesfile ~/.gitignore
これで、自分の環境に依存する不要なファイルは、~/.gitignoreへ追加すればOKです